همانطور که مشاهده می­ شود اندازه آلل مؤثر با تعداد آلل واقعی تفاوت کمی را نشان داد. آلل مؤثر با کمک فرمول 4-1 محاسبه می­گردد.
فرمول(4-1) Ne
نتایج نشان داد که اندازه آلل موثر (908/1) از تعداد الل واقعی (2) کمتر است. در جایگاهی که تفاوت بین این دو مقدار (آلل واقعی و آلل مؤثر) زیاد باشد، دلیل بر وجود فراوانی آللی با پراکندگی بالا در آن جایگاه­ها است. جایگاه­هایی که فراوانی آللی در آن­ها تقریبا برای تمام آلل­ها مشابه باشد، تعداد آلل موثر بیشتری را نشان خواهد داد. تعداد آلل مؤثر تنها زمانی با تعداد آلل واقعی برابر خواهد بود که همه آلل­ها فراوانی مشابهی داشته باشند، ولی در بیشتر مواقع تعداد آلل مؤثر کمتر از تعداد آلل واقعی است. نتایج نشان می­دهد که آلل G و A نزدیک به هم است. با توجه به نتایج می­توان گفت که تفاوت بین دو آلل چندان زیاد نیست، به عبارتی تفاوت چندانی بین آلل واقعی و مؤثر مشاهده نشده است که بیان کننده این موضوع می­باشد که اگرچه در جمعیت تنوع وجود داشت اما این تنوع در سطح بالایی نبود. بیشترین تعداد آلل مؤثر (2 آلل) وقتی به دست می ­آید که فراوانی هیچ آللی بیشتر از 50/0 نباشد.

4-6 بررسی تعادل هاردی- واینبرگ گیرنده­ی یک ژن دوپامین با آنزیم CfrI
به منظور بررسی تعادل هاردی- واینبرگ ژن دوپامین در جمعیت و بررسی تطبیق فراوانی ژنوتیپی مشاهده شده با فراوانی­های مورد انتظار که بر اساس فراوانی آلل­های G و A از نرم افزار GenALEx و روش آزمون کای مربع () محاسبه شد. تعادل هاردی- واینبرگ در گله برقرار نبود. علت عدم تعادل در جایگاه می ­تواند نشان­دهنده حضور بعضی عوامل برهم زننده تعادل باشد. از مهم­ترین این عوامل در جمعیت می­توان به عامل جهش و مهاجرت اشاره نمود. از جمله دیگر عوامل انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ می­توان به افزایش هتروزیگوسیتی، که ناشی از انتخاب غالب یا جفت­گیری غیر خویشاوندی و افزایش هموزیگوسیتی ناشی از جفت­گیری خویشاوندی در جمعیت، وجود آلل­های صفر که به اشتباه میزان هتروزیگوسیتی را بالا می­برد نیز می ­تواند باشد.
4-7 آنزیم محدود کننده BseNI:
با مشاهده نتايج الگوي باندي از هضم با BseNI مشخص شد که تمامی قطعات فاقد برش بوده و بنابراین هیچ جهشی در گیرنده­ی 1 ژن دوپامین با بهره گرفتن از این آنزیم، در مرغ بومی خوزستان وجود ندارد و فقط یک نوع ژنوتیپ AA وجود داشته که به صورت مونومورف می­باشد (شکل 4-6).
محل برشی آنزیم BseNI:
5’…A C T G G N↓…3’
3’…T G A C↑C N …5’
4-7-1 بررسی تنوع ژنتیکی گیرنده­ی یک ژن دوپامین با آنزیم BseNI
نتایج مشاهده شده در این تحقیق با نتایج وانگ و همکاران (2014) که دارای دو الگوی باندی GG و GA، وانگ و همکاران(2012) که سه ژنوتیپ (TT و CC TC)، زوا و همکاران (2011) که سه ژنوتیپ AA) و GG و (AG، فیدلر و همکاران (2007) سه نوع ژنوتیپ (TT و CC و CT) را گزارش کرده بودند مطابقت نداشت اما در یک بررسی که توسط سوجیاما و همکاران (2004) انجام گرفت، در این تحقیق بلدرچین ژاپنی، مرغ، مرغ شاخدار، قرقاول، کورومات ژاپنی و کلاغ جنگلی مورد آزمایش قرار گرفتند که فقط در مرغ چند شکلی وجود داشت و دربقیه چند شکلی مشاهده نگردید. از دلایل عدم تطابق نتیجه حاصله با نتایج گزارش شده در سایر تحقیقات می ­تواند جامعه مورد مطالعه و حجم نمونه باشد و نیز نوع مارکری که با آن چند شکلی بررسی می­گردد. جهت انجام آنالیز RFLP از آنزیم محدودکننده­ای که دارای جایگاه اختصاصی بر روی محصول پی. سی. آر بوده و در محل ویژه­ای رشته دی. اِن. اِی را قطع می­ کند استفاده شده است. در صورتی که در توالی تشخیص آنزیم تغییری داده شود در این صورت برش دی. اِن. اِی به وسیله­ آنزیم در این منطقه صورت نمی‏گیرد. بنابراین وجود یا عدم وجود جهش در منطقه برش ژنوتیپ­های متفاوتی را ایجاد می­ کند. آغازگری که برای آنزیم برشی CfrI استفاده شد برای آنزیم BseNI نیز استفاده گردید، با آنزیم CfrI چند شکلی مشاهده گردید در صورتی که آنزیم BseNI هیچ گونه چند شکلی را نشان نداد. در واقع نمی­ توان گفت که گیرنده­ی یک ژن دوپامین مونومورف بوده بلکه آنزیم BseNI روی ژن دوپامین جایگاه برشی نداشته است و توانایی تشخیص جهش رخ داده را نداشته است. با توجه به این نتایج می­توان به اهمیت آنزیم­ های برشی در تعیین چند شکلی پی برد.
شکل 4-6 ژنوتیپ­های شش نمونه مرغ بر اساس هضم آنزیمی قطعه 283 جفت بازی با آنزیم BseNIبر روی ژل آگارز 2.5 درصد چاهک M سایز مارکر 100.
4-7-2 تعیین ژنوتیپ با BseNI
همانطور که مشاهده گردید چند شکلی در این جمعیت دیده نشد و فقط یک نوع آلل و یک نوع ژنوتیپ مشاهده گردید. با بهره گرفتن از این آنزیم تمامی 100 نمونه دارای ژنوتیپ AA بودند. در یک پژوهشی تمپفلای و همکاران (2015) بیان کرد ژنوتیپ AAمی­تواند در تولید تخمگذراری مفید واقع شود. برای بررسی جامعه از نظر تعادل هاردی – واینبرگ نتایج با نرم افزار GenALEx آنالیز شد که نتایج نشان می­دهد که تعادل هاردی- واینبرگ در جمعیت مرغ بومی استان خوزستان برقرار نمی ­باشد. این نتایج می ­تواند گواه بر رانش ژنی، جهش و انتخاب در این جمعیت باشد. جدول 4-5 تعداد مشاهده شده در جمعیت مورد بررسی، فراوانی آلل­ها و ژنوتیپ­ها را نشان می­دهد.
جدول 4-5 تعداد مشاهدات، فراوانی ژنوتیپی و فراوانی آللی مربوط به آنزیم BseNI

فراوانی آللی

درصد فراوانی

تعداد مشاهده شده

ژنوتیپ

B

A

0

1

100

100

AA

0

0

AG

0

0

GG